作为机体内最大的微生态体系，肠道微生态平衡亦具有生理性、动态性、系统性的特点，且其具体的表现形式在不同分娩方式、喂养方式的婴幼儿及不同年龄、不同地域、不同运动习惯的人群中具有一定的差异，呈现明显的群体个性化特征。
消化系统内定植的初始化肠道菌群的结构与分娩环境紧密相关。顺产婴儿初始化肠道菌群与母体阴道微生态相似，主要是乳酸杆菌；剖宫产婴儿初始化肠道菌群与母体皮肤微生态相似，主要是葡萄球菌。而不同的初始化肠道菌群结构演变而成的肠道微生态平衡，亦具有不同的表现形式。如有研究表明，在一岁时，顺产与剖宫产婴儿的肠道菌群结构具有明显的差异性，后者具有特异性的噬氢菌属和口腔杆菌属。
由于在营养要素、免疫因子等成分上的差异，母乳与配方乳对肠道菌群结构的调整作用存在差异，由此导致不同喂养方式婴幼儿之间的肠道微生态平衡的差异。母乳喂养1～6月的婴儿，其肠道菌群以肠杆菌科、韦荣球菌科和拟杆菌科为优势菌群；人工喂养和混合喂养的婴儿，其肠道菌群以肠杆菌科和链球菌科为优势菌群。随着年龄的增长，宿主生理机能及免疫系统的变化均可影响肠道微生态的平衡。因而，不同年龄的人群，其肠道微生态平衡的表现形式显著不同。对健康者的肠道微生态的研究表明，肺炎克雷伯杆菌和肠杆菌较常见于15岁以下的儿童，而奇异变形杆菌常见于老年人（ 69～89岁）。
在不同地域，人群之间的饮食结构、饮食习惯存在差异。不同的饮食结构对肠道微生态的平衡具有显著影响。有研究表明，以有机蔬菜为主的饮食结构可促进肠道菌群多样性的提高，而生鲜牛奶的消费量可降低肠道内的菌群种类，但可促进梭状芽孢杆菌及真杆菌的显著增长。由此可见，基于不同的饮食结构，不同地域人群之间的肠道微生态即可表现出不同的结构特征。运动对肠道微生态系统的平衡的影响，可通过对机体生理状态的调整来完成。对中长跑运动员的研究表明，不同运动个体之间存在个体特征菌群，且不排除新型菌种的出现。
